1956年,贵州省遵义护士学校成立,以贵阳卫校护理科为基础迁至遵义扩充组建。
1958年,学校面向全国招收医土和药剂类专业考生,并把遵义护士学校改名为遵义卫生学校,同年,遵义医学专科学校正式成立,其校舍设在遵义卫校内,并实行卫校、医专2校共一套教学、行政管理班子进行教学和管理。
1959年5月,改属遵义专署文卫局领导。
1965年,根据省卫生厅要求,学校开办一个医学专科班,招高中毕业生,学制三年,毕业后由贵阳医学院发毕业证书。
1966年,文化大革命开始,停止招生。
1972年至1974年,招生改由基层推荐,学校考核,学制两年。
1975年,改招“社来社去”班,毕业后国家不包分配。
1976年停止招生。
1977年,恢复招生制度后,学制改为两年半,学生毕业后由国家分配工作。
1978年至1986年,恢复统考招生制,招高中毕业生,学制三年。
1987年,改为统招初中毕业生,学制三年。
1975年6月,遵义县卫生局领导管理的遵义县中医学校创办,校址在遵义县南白镇,面向本县招收“社来社去”学生,曾开设乡村医生、妇幼医士、中西药学、基础医学、基础护理、中医提高、中西医内科进修、中西药剂、中医护理、公共卫生等专业。
1979年,接受国家计划,招收西医护士一班。
1986年,经贵州省人民政府批准改为遵义中医学校,纳入中专统一招生,是贵州省唯一的一所中等中医学校。
2006年2月17日,经教育部批准,遵义卫生学校、遵义中医学校合并升格为遵义医药高等专科学校。
2010年,学校通过了教育教学工作合格评估,并获“优秀”等级,在全省高校思想政治教育工作评估中获优秀等级。
2012年12月,学校获批为贵州省示范性高职院校。
2013年,学校在全省高校思想政治教育工作评估中获优秀等级。
2018年,学校获批贵州省优质高职院校立项建设单位。
2021年2月,学校进入贵州省首批高水平高职学校建设行列。
2021年5月,绥阳县人民医院、绥阳县中医院成为学校非直属附属医院。7月,遵义市红花岗区口腔医院成为学校非直属附属医院。
2022年11月,瓮安县中医医院成为学校非直属附属医院。
2023年7月,遵义医药高等专科学校口腔健康产业学院揭牌成立。12月,遵义医药高等专科学校附属中医院正式揭牌,学校获批国家自然科学基金依托单位。








