1949年11月，经东北人民政府农业部公营农场管理局决定，东北公营农场管理处技术训练班成立，技术训练班的主要任务是培训提高国营农场在职拖拉机驾驶员，每期3个月，共办了3期，全国第一个女拖拉机驾驶员梁军是第2期学员。
1950年8月，从哈尔滨市王兆屯迁至王岗镇，与第二拖拉机站合并，改称国营农场干部训练班。
1951年8月，国营农场干部训练班改为国营农场技术学校，下设机械科和会统科，从社会招收初中和高小毕业生，分设速成班、初级班和中专班，自1952年起，只招收初中毕业生。
1952年2月4日，学校由公营农场技术学校更名为国营农场技术学校。
1953年1月，学校改名为哈尔滨农业机械化学校。11月，归属东北农学院领导，改称东北农学院附设农业机械化学校。
1954年，黑龙江省查哈阳机耕学校中专班并入东北农学院附设农业机械化学校。
1955年12月1日，中央农业部将学校划归黑龙江省农场管理厅领导，教学工作仍与农学院保持以往隶属关系。
1956年7月31日，学校更名为哈尔滨农业机械化学校。
1957年，黑龙江省佳木斯农业机械学校农机专业及部分教师并入东北农学院附设农业机械化学校，学校经管专业432名学生并入佳木斯农经校。7月，改属黑龙江省国营农场管理厅领导，校名改称黑龙江省哈尔滨农业机械化学校。
1958年，在学校基础上组建四年制东北农学院农业机械化分院，农业机械化校改为分院的中专部，隶属东北农学院。
1959年1月，改属黑龙江省农业机械厅领导。9月，改称黑龙江农业机械化学院附设农业机械化学校，隶属黑龙江省国营农场管理厅。11月，黑龙江省农机厅成立，学院归农机厅领导。
1962年6月，齐齐哈尔大学104名学生及部分教师和东北农学院合江分院数十名学生先后并入学院。
1963年8月，黑龙江省农业机械化学院与东北农学院合并，恢复黑龙江农业机械化学校。
1967年，黑龙江农业机械化学校下放给哈尔滨市管理。
1968年，黑龙江省革命委员会将其划归黑龙江生产建设兵团领导。
1972年7月，黑龙江省革命委员会决定复校，定名为黑龙江省农业机械化学校，隶属黑龙江省农业机械局领导。
1978年，根据国务院农业机械化领导小组决定，派遣首批4名人员赴西藏自治区参与援建自治区农业机械化学校。
1980年，学校被国家教育部确定为全国重点中等专业学校。
1981年，经黑龙江省政府同意，在学校附设农机化干部培训班，承担全省农机干部培训任务。
2001年，黑龙江农业机械化学校升格为黑龙江农业工程职业学院。
2010年，学校被教育部、财政部确定为国家示范性高等职业院校。
2016年8月，学校入选第二批国家现代学徒制试点单位。
2019年7月，学校被教育部认定为国家优质专科高等职业院校。10月，学校通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。12月，学校被教育部、财政部列入第三类高水平专业群建设单位（B档）。
2021年9月，学校获批黑龙江省第二轮高水平高职学校建设项目。
1948年，原黑龙江省根据当时西满党委的指示，决定在黑龙江省创建一所新型的农业专科学校黑龙江省农业专科学校，以适应土地改革后农业发展和支援解放战争的需要。6月末齐齐哈尔江农校的学生也并到农专学习。
1953年，省农业厅决定将高职部改为黑龙江省农业专科学校附设农业学校，但仍归农专统一领导。
1955年12月7日，根据农专和农校发展需要，正式决定两校分设，在原校园内的路东办黑龙江省农业专科学校，路西办黑龙江省北安农业学校。
1956年春，黑龙江省农业厅义决定将北安农校育牧兽医专业师生、农学专业中的10名教师调往齐齐哈尔，另成立齐齐哈尔农业学校（今黑龙江畜牧兽医职业学院）。
1958年4月，在黑龙江省农业厅主持下，对全省四所农校进行专业调整。
1958年4月，根据国务院决定，北安农学院迁往吉林省与长春畜牧兽医大学合并成立吉林农业大学。8月13日，北安农校接收了由齐齐哈尔畜牧兽医学校调整的畜牧与兽医中专二年级学生两个班。9月，根据省委决定，东北农学院嫩江分院在北安农校的基础上正式成立。
1959年6月，嫩江地委决定并报省委农村工作部批准，将在克山县内的嫩江地区农业合作干部学校干部25人教师5人、工人30人及全部设备并到江分院。
1960年9月，根据嫩江地委的院所合一的决定，嫩江分院与齐齐哈尔农研所、克山种马场合并，合并之后，对外仍然挂东北农学院嫩江分院和嫩江科研所两个牌子。
1962年，嫩江地委又决定嫩江分院和农科所再行分开，牧医系的师生、设备和学院领导、工作人员又迁回北安。
1962年8月，省委决定将四所分院进行一次调整，除保留北安的嫩江分院外，其余三所分院一律撤销，并分别改为牡丹江农业学校、佳木斯农业学校和双城农业学校，三所分院的本科生全部迁至北安的嫩江分院，部分专业教师也随之调到嫩江分院任教。9月，根据嫩江分院本科生、中专生较多的况，决定恢复北安农校的教学、行政建制。
1964年9月末，省委批转省农业厅和教育厅给省委《关于东北农学院嫩江分院撤销后分办北安师范专科学校和北安农业学校的几个具体问题的意见》报告，北安农校划分出一部分师资力量组建了北安师范专科学校（今牡丹江师范学院）。
1968年6月，北安农校下放北安县领导。
1969年1月8日，黑龙江省革命委员会生产委员会按文件规定学校全部房舍交由生产建设兵团的一五师使用，学校教学标本、仪器等无处可放，造成严重破坏。9月5日，黑河地区接管了学校。
1970年初，黑河地区文委决定，北安农校恢复招生。
1978年6月9日，兵团所占校舍全部交还北安农校。
1979年4月6日，学校隶属省农业局领导。
1958年，经黑龙江省人民政府批准，省商业厅与黑龙江商学院商议，在黑龙江商学院成立了水产系（中专班）。
1959年8月，黑龙江省商业厅党委决定将黑龙江商学院水产系从商学院里分离出来，正式成立了黑龙江省水产学校，学校归省商业厅水产局领导，是借用省商北于部学校的教室办学。
1960年2月，搬到哈尔滨市道里通江街120号黑龙江省水产科学研究所楼内办学。
1964年7月，省水产局党组决定将学校迁至连环湖渔场。
1965年春，省水产局党组因毕业生分配困难，决定将黑龙江省水产学校改为省水产干部训练班。
1968年5月，学校的隶属关系由省水产局下放到杜尔伯特蒙古族自治县。
1969年5月，杜尔伯特蒙古族自治县革命委员会决定撤销黑龙江省水产学校，将学校的人员和财产全部移交给县“五七”干校。
1969年6月至1972年8月，学校处于停办时期。
1972年8月，为培养中等养鱼技术人才，经省革命委员会生产指挥部批准恢复黑龙江省水产学校。
1975年2月，省农副产品供销局决定黑龙江省水产学校从黑龙江省水产科学研究所分离出来，单独成立。
1976年2月，省供销社决定学校与黑龙江省水产科学研究所再次合并。
1978年2月，省水产事业管理局请示省供销社党委将学校与黑龙江省水产科学研究所分开，获得批准。
1972年，黑龙江省革命委员会批准建立江地区农机技工学校，负责原嫩江地区所属各县及齐齐哈尔市所需农业机械技术工人的培训任务，设农业机械修理和农业机械制造两个专业，学制均为2年，隶属江行署农业机械局领导。
1979年，经黑龙江省革命委员会批准，撤销嫩江地区农机技工学校，改为嫩江地区农业机械化学校。
1981年，黑龙江省人民政府办公厅同意将嫩江地区农业机械化学校改名为黑龙江省齐齐哈尔农业机械化学校，属县团级单位，为全省农机系统培养中等专业技术人才，实行省地共管，以省为主。
1985年，黑龙江省高等教育局同意黑龙江省齐齐哈尔农业机械化学校收归黑龙江省农业机械管理局主管。
2003年4月，黑龙江省北安农业学校与黑龙江省水产学校组建黑龙江农牧水产职业学院。
2004年4月，更名为黑龙江生物科技职业学院。
2019年，黑龙江省齐齐哈尔农业机械化学校并入学院。
2022年4月，原黑龙江农业工程职业学院与黑龙江生物科技职业学院合并，组建新的黑龙江农业工程职业学院。
2025年4月，学校当选黑龙江农产食品产教融合共同体副理事长单位。5月，学校入选2025年高素质农民省级示范项目承担机构。
2026年2月11日，教育部批准以黑龙江农业工程职业学院为基础设立黑龙江农业工程职业技术大学，首批设置智能化农业装备技术、现代水产养殖技术、现代畜牧、生物制药技术、智能控制技术、作物生产与品质改良等6个职业本科专业。
